Kekuasaan kehakiman merupakan kekuasaan kehakiman yang merdeka untuk menyelenggarakan peradilan guna menegakkan hukum dan keadilan (Pasal 24 ayat 1 Undang-Undang Dasar pasca Amandemen). Kekuasaan kehakiman dilaksanakan oleh Mahkamah Agung RI, Badan-badan peradilan lain di bawah Mahkamah Agung (Peradilan Umum, PTUN, Peradilan Militer, Peradilan Agama) serta Mahkamah Konstitusi (Pasal 24 ayat 2 Undang-Undang Dasar 1945).

Penyelenggaraan kekuasaan Kehakiman tersebut diserahkan kepada badan-badan peradilan (Peradilan Umum, Peradilan Agama, Peradilan Militer, dan Mahkamah Agung sebagai pengadilan tertinggi dengan tugas pokok untuk menerima, memeriksa dan mengadili serta menyelesaikan setiap perkara yang diajukan kepadanya).(Pasal 2 ayat (1) jo. Pasal 10 ayat (1) dan ayat (2))

Peradilan Umum adalah salah satu pelaksana kekuasaan Kehakiman bagi rakyat pencari keadilan pada umumnya (Pasal 2 UU No.2 Tahun 1984). Pengadilan Negeri bertugas dan berwenang, memeriksa, mengadili, memutuskan dan menyelesaikan perkara pidana dan perkara perdata di tingkat pertama (Pasal 50 UU No.2 Tahun 1986) Pengadilan dapat memberikan keterangan, pertimbangan dan nasihat tentang hukum kepada instansi pemerntah di daerahnya apabila diminta (Pasal 52 UU No.2 Tahun 1986). Selain menjalankan tugas pokok, pengadilan dapat diserahi tugas dan kewenangan lain oleh atau berdasarkan Undang-Undang.

Selanjutnya tugas pokok dan fungsi setiap jabatan dalam jabatan dalam Pengadilan Negeri Serui  adalah sebagai Berikut :

1.  Ketua

Tugas Pokok

Mengendalikan , Menyelenggarakan, pelaksanaan wewenang institusi pengadilan yaitu menerima, memeriksa dan mengadili perkara yang diajukan di Pengadilan.

Fungsi

1. Menyelenggarakan administrasi keuangan perkara dan mengawasi keuangan rutin/pembangunan ;
2. Melakukan pengawasan secara rutin terhadap pelaksanaan tugas dan memberi petunjuk serta bimbingan yang diperlukan baik bagi para Hakim maupun seluruh karyawan ;
3. Sebagai kawal depan Mahkamah Agung, yaitu dalam melakukan pengawasan atas :
4. Penyelengaraan peradilan dan pelaksanaan tugas, para Hakim dan   pejabat Kepaniteraan, Sekretaris, dan Jurusita di daerah hukumnya
5. Masalah-masalah yang timbul ;
6. Masalah tingkah laku / perbuatan hakim, pejabat Kepaniteraan, Sekretaris, dan Jurusita di daerah hukumnya;
7. Masalah eksekusi yang berada di wilayah hukumnya untuk diselesaikan dan dilaporkan kepada Mahkamah Agung.
8. Memberikan izin berdasarkan ketentuan Undang-Undang untuk membawa keluar dari ruang Kepaniteraan : daftar, catatan, risalah, berita acara serta berkas perkara.
9. Menetpakan panjar biya perkara : ( dalam hal penggugat atau tergugat tidak mampu, Ketua dapat mengizinkan untuk beracara secara prodeo atau tanpa membayar biaya perkara.

2. Wakil Ketua

Tugas Pokok

Membantu Ketua Mengendalikan , Menyelenggarakan, pelaksanaan wewenan institusi pengadilan yaitu menerima, memeriksa dan mengadili perkara yang diajukan di Pengadilan.

Fungsi

1. Membantu Ketua dalam membuat program kerja jangka pendek dan jangka panjang, pelaksanaanya serta pengorganisasiannya.
2. Mewakili Ketua bila berhalangan.
3. Melaksanakan delegasi wewenang dari Ketua.
4. Melakukan pengawasan intern untuk mengamati apakah pelaksanaan tugas telah dikerjakan sesuai dangan rencana kerja dan ketentuan yang berlaku serta melaporkan hasil pengawasan tersebut kepada Ketua.

3.  panitera

Tugas Pokok

Membantu pimpinan mengendalikan bidang administarsi perkara.

Fungsi

1. Kedudukan Panitera merupakan unsur pembantu pimpinan.
2. Panitera dengan dibantu oleh Wakil Panitera dan Panitera Muda harus menyelenggarakanadministrasi secara cermat mengenai jalannya perkara perdata dan pidana maupun situasi keuangan.
3. Bertanggung jawab atas pengurusan berkas perkara, putusan, dokumen, akta, buku daftar, biaya perkara, uang titipan pihak ketiga, surat-surat bukti dan surat-surat lainnya.
4. Membuat akta dan salinan putusan.
5. Menerima dan mengirimkan berkas perkara.
6. Melaksanakan eksekusi putusan perkara perdata yang diperintahkan oleh Ketua Pengadilan dalam jangka waktu yang ditentukan.

4. Hakim

Tugas Pokok

Menyelenggarakan perkaura mulai dari menerima, memeriksa sampai dengan mengadili perkara yang masuk di Pengadilan.

Fungsi

Hakim Pengadilan adalah pejabat yang melaksanakan tugas Kekuasaan Kehakiman. Tugas utama Hakim adalah menerima, memeriksa dan mengadili serta menyelesaikan semua perkara yang diajukan kepadanya.Dalam perkara perdata, Hakim harus membantu para pencari keadilan dan berusaha keras untuk mengatasi hambatan-hambatan dan rintangan agar terciptanya peradilan yang sederhana, cepat dan biaya ringan.

5. Sekretaris

Tugas Pokok

Membantu pimpinan mengendalikan bidang administrasi umum

Fungsi

1. Membantu pimpinan Pengadilan dalam membuat program kerja jangka pendek dan jangka panjang, pelaksanaannya serta pengorganisasiannya
2. Sekretaris dibantu oleh Kepala Sub Bagian Umum Dan Keuanagn, Kepala Sub Bagian Kepegawaian dan Tata Laksana, dan Kepala Sub Bagian Informasi Teknologi dan Pelaporan

6. Panitera Muda Pidana

Tugas Pokok

Menyelenggarakan administrasi perkara pidana.

Fungsi

1. Membantu Hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya sidang pengadilan
2. Melaksanakan administrasi perkara, mempersiapkan persidangan perkara yang masih berjalan dan urusan lain yang berhubungan dengan masalah perkara pidana
3. Memberi nomor register pada setiqp perkara yang diterima di kepaniteraan.
4. Memberi nomor register pada setiap perkara dengan acara singkat yang telah diputus Hakim atau diundurkan hari sidangnya.
5. Mencatat setiap perkara yang diterima ke dalam buku daftar disertai catatan singkat tentang isinya
6. Menyerahkan salinan putusan kepada Jaksa, terdakwa atau kuasanya serta lembaga pemasyarakatan apabila terdakwa di tahan
7. Menyiapakan berkas perkara yang dimohonkan banding, kasasi, peninjauan kembali.
8. Menyiapkan berkas permohonan grasi
9. Menyerahkan arsip perkara / permohonan grasi kepada Panitera Muda Hukum.

7. Panitera Muda Perdata

Tugas Pokok

Menyelenggarakan administrasi perkara perdata.

Fungsi

1. Membantu Hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya sidang pengadilan.
2. Melaksanakan administarsi perkara, mempersiapkan persidangan perkara, menyimpan berkas perkara yang masih berjalan dan urusan lain yang berhubungan masalah perkara perdata
3. Memberi nomor register pada setiap perkara yang diterima di Kepaniteraan
4. Mencatat setiap perkara yang diterima ke dalam buku daftar disertai catatan singkat tentang isinya
5. Menyerahkan salinan putusan kepada para pihak yang berperkara bila memintanya
6. Menyiapkan berkas perkara yang dimohonkan banding, kasasi, atau peninjauan kembali
7. Menyerahkan berkas perkara kepada Panitera Muda Hukum

8. Panitera Muda Hukum

Tugas Pokok

Menyelenggarakan pelaporan administrasi perkara pidana dan perkara perdata.

 Fungsi

1. Membantu Hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya sidang Pengadilan.
2. Mengumpulkan, mengolah dan mengkaji data, menyajikan statistik perkara, menyusun laporan perkara, menyimpan ARSIP berkas perkara, daftar notaris, Penasehat Hukum, permohonan grasi dan permohonan kewarganegaraan serta tugas lain yang diberikan bedasarkan peraturan perundang – undangan

9. Kepala Sub – Bagian Umum dan Keuangan

Tugas Pokok

1. Menangani surat masuk dan keluar
2. Mengelola daftar inventaris dan aplikasi inventaris
3. Mengelola perpustakaan
4. Membuat rencana kerja dan jadwal pelaksanaan kegiatan pada tahun yang bersagkutan / tahun berjalan ;
5. Menangani masalah keuangan, baik keuangan penerimaan Negara bukan pajak pengeluaran anggaran, dan hal – hal lain yang menyangkut pengeluaran pengadilan diluar perkara pengadilan
6. Membuat RKA – KL ;
7. Mengelola DIPA tahun yang bersangkutan / tahun berjalan ;
8. Mengelola gaji pegawai Pengadilan

 10. Kepala Sub – Bagian Kepegawaian dan Tata Laksana

Tugas Pokok

Menyelenggarakan administrasi Kepegawaian.

Fungsi

1. Mengelola data pegawai ;
2. Menangani proses usulan pemindahan, pengangkatan, pemberhentian, dan pension pegawai ;
3. Menangani proses kenaikan pangkat dan DP3 pegawai
4. Memproses SK kenaikan Gaji berkala pegawai ;
5. Mempersiapkan berita acara penyumpahan dan pelantikan pejabat dan pegawai ;
6. Memproses permintaan KP4, SPT, LP2P, BPJS dan TASPEN pegawa
7. Memproses usulan pembuatan KARPEG, KARIS, KARSU pegawai ;
8. Mengelola absensi pegawai.
9. Menyusun Beeziting pegawai ;
10. Menanagani usulan / promosi jabatan ;
11. Menyusun daftar urut kepangkatan ;
12. Menyelesaikan usul-usul kenaikan pangkat ;
13. Menyelesaikan surat keputusan kenaikan gaji berkala ;
14. Menyelesaikan surat izin cuti ;
15. Menyelesaikan surat pernyataan menduduki jabatan ;
16. Menyelesaikan Hukuman Disiplin Pegawai ;

 11. Kepala Sub – Bagian Informasi Teknologi dan Pelaporan

–         Membuat pelaporan aset Pengadilan

12. Jurusita 

Fungsi :

Melakukan pemanggilan, melakukan tugas pelaksanaan putusan Pengadilan yang dipimpin oleh Ketua Pengadilan, membuat berita acara pelaksanaan putusan yang salinan resminya disampaikan kepada pihak-pihak yang berkepentingan, melalkukan penawaran pembayaran uang, serta membuat berita acara penawaran pembayaran uang dengan menyebutkan jumlah dan uraian jenis mata uang yang ditawarkan.

Tugas Pokok

1. Melaksanakan semua perintah Ketua sidang ;
2. Melakukan pemanggilan, menyampaikan pengumuman, teguran, protes- protes dan pemberitahuan ;
3. Melakukan Penyitaan
4. Membuat berita Acara Pelaksanaan Putusan yang salinan resminya disampaikan pada pihak-pihak yang berkepentingan.
5. Melakukan Eksekusi
6. Menangani surat masuk dan keluar